Am 7. Juli um 19.30 Uhr drangen zwei unbekannte Männer in das Haus von Diodora Hernández in der Siedlung San José Nueva Esperanza des Dorfes Maquivil in der Gemeinde San Miguel Ixtahuacán ein und schossen ihr in das rechte Auge, wodurch sie viel Blut verlor. Nach der Überführung ins Krankenhaus und einer Operation am 11. Juli ist ihr Zustand stabil, auch wenn die Folgen des Schusses noch nicht absehbar sind. Am 20. Mai 2010 hat die Interamerikanische Menschenrechtskommission (CIDH) einstweilige Verfügungen zugunsten der 18 Maya-Mam-Gemeinschaften erlassen, die im Jahr 2007 eine Beschwerde bei der Kommission eingereicht hatten. Die Gemeinschaften klagten, dass die Bergbauaktivitäten des Unternehmens Montana Exploradora (Goldcorp) in der Marlin-Mine die Menschenrechte in den Gemeinden San Miguel Ixtahuacán und Sipakapa im Department San Marcos verletzten. Die CIDH wies den guatemaltekischen Staat an, fünf einstweilige Verfügungen zum Schutz der örtlichen Bevölkerung zu ergreifen, bis die Beschwerde der 18 Gemeinschaften vollständig untersucht ist. Neben dem Stopp der Bergbauaktivitäten forderte die CIDH auch die Reinigung der verschmutzten Wasserquellen, die Behandlung der Gesundheitsprobleme, das Ergreifen von Maßnahmen zur Gewährleistung des Lebens und zum Schutz der AktivistInnen in den Gemeinschaften.

Der Staat Guatemala hat die Konvention 169 der Internationalen Arbeitsorganisation (ILO) über die Rechte der indigenen Völker ratifiziert und hat damit anerkannt, dass jegliches Projekt, das sich auf das Leben und das Gebiet von indigenen Gemeinschaften auswirkt, nur mit freier und informierter Zustimmung der indigenen Völker umgesetzt werden darf. Jedoch hat der guatemaltekische Staat die Ergebnisse der Befragungen der Gemeinschaften nicht anerkannt, die bislang in Guatemala durchgeführt worden sind und wonach die indigene Bevölkerung die Tagebauaktivitäten nahezu einstimmig ablehnt. Bei einer Befragung am 18. Juni 2005 haben 97 Prozent der BewohnerInnen von Sipakapa das Marlin-Projekt abgelehnt. 2010 haben der UN-Sonderberichterstatter für indigene Völker, James Anaya, sowie das Expertenkomitee der ILO festgestellt, dass die Regierung die Lizenz für die Marlin-Mine ohne die freie und informierte Zustimmung der betroffenen indigenen Gemeinschaften erteilt hatte.

Im Fall des Marlin-Projekts gibt es eindeutige Belege, dass die Verwirklichung der Rechte auf Wasser, Nahrung und Gesundheit beeinträchtigt sind, in erster Linie durch die Verschmutzung des von den Gemeinschaften verwendeten Wassers sowie durch den übermäßigen Wasserverbrauch durch das Bergbauunternehmen (45.000 Liter pro Stunde laut Angaben des Unternehmens selbst). Monitoring-Untersuchungen der Comisión Paz y Ecología (Friedens- und Umweltkommission) der Diözese von San Marcos haben ergeben, dass das Wasser der Flüsse mit Schwermetallen verunreinigt ist.  Nach einer jüngst von der Universität von Michigan veröffentlichten Studie wurden in Blut- und Urinproben, die bei einigen Bewohnern aus der unmittelbaren Umgebung der Marlin-Mine genommen worden sind, toxische Metalle gefunden, die eine Gefahr für die Menschen und die Umwelt darstellen.
Zunehmende soziale Konflikte und Gewalt sind weitere Begleiterscheinungen des Marlin-Projekts. Seit Projektbeginn kommt es immer wieder zu Angriffen und Einschüchterungsaktionen gegen MenschenrechtsverteidigerInnen, VertreterInnen der Gemeinschaften und Menschen, die gegen das Marlin-Projekt protestieren. Aktuell laufen gegen acht Frauen und fünf Männer noch Prozesse, die von internationalen Menschenrechtsorganisationen als Maßnahmen zur Kriminalisierung des sozialen Protests gegen die Mine betrachtet werden.